Câu chuyện của Renegade diễn ra trong những ngày cuối cùng của First Tiberium War, vốn được miêu tả trong Command & Conquer (video game). Ba chuyên gia nghiên cứu Tiberium của GDI đã bị bắt cóc bởi Brotherhood of Nod. Người chơi giả định vai trò của một đặc công GDI là Nick "Havoc" Parker, người được phân công để giải cứu các chuyên gia. Ông tiến hành các nhiệm vụ đó ở tất cả các nơi trên thế giới, ở các nước và khí hậu khác nhau và hành động của ông tác động nhiều đến tình trạng hiện thời của cuộc chiến. Khi tiếp tục, trò chơi tiết lộ rằng các chuyên gia đã bị buộc phải tham gia một nghiên cứu bí mật của Brotherhood có tên "Project Re-Genesis", một cố gắng để tạo ra cá c siêu chiến binh được biến đổi gien với sự trợ giúp của Tiberium.

Khi người chơi tham gia các nhiệm vụ, EVA hay Electronic Video Assistance, sẽ cập nhật các mục tiêu của nhiệm vụ. EVA ghi chép và cập nhật tất cả các mục tiêu và tình trạng hiện tại của chùng. Mục tiêu cụ thể của nhiệm vụ được phân thành ba loại: chính, phụ và đặc biệt. Hoàn thành các mục tiêu chính là rất quan trọng cho sự thành công của nhiệm vụ. Mục tiêu phụ không cần thiết để hoàn thành nhiệm vụ, nhưng có thể hỗ trợ chơi game. Mục tiêu đặc biệt thường được ẩn, không giúp nhiều trong khi chơi game, nhưng sẽ ảnh hưởng đến cấp bậc của người chơi ở cuối mỗi nhiệm vụ.

Chơi mạng

Chế độ chơi mạng của trò chơi này mang hình thức 'Command and Conquer Mode', trong đó người chơi được chia thành hai đội: GDI và Nod. Mỗi đội bắt đầu với căn cứ của riêng mình, các thành viên có thể mua xe và các lớp nhân vật tiên tiến để tiêu diệt căn cứ kẻ thù và bảo vệ căn cứ của mình. Trận đấu kết thúc khi đội thắng khi phá hủy căn cứ của đối phương hoặc khi một trong 2 đội có nhiều điểm hơn trước khi hết giờ. Làm hư hỏng và tiêu diệt các đơn vị và cấu trúc của quân địch kiếm được điểm. Một số máy chủ cho phép tùy chọn 'endgame beacon' gây ra khi một bên ngay lập tức giành chiến thắng nếu 'siêu vũ khí' của họ được đặt thành công và phát nổ trên vị trí 'beacon pedesta' ở phía đối thủ. Cách chơi là một sự kết hợp của yếu tố FPS và RTS, rằng các thành viên trong nhóm nhận được tiền từ thu hoạch Tiberium và phải mua thiết bị của riêng họ.